All-American Hantaviruses S Segment (Nucleoprotein encoding ORF) Unanimity nucleotide alignments and primer map Laboratorio de Genómica Viral y Humana, Facultad de Medicina, UASLP JM Mendoza-Mendez, M Pacheco-Cortez, SE Guerra-Palomares, CA Garcia-Sepúlveda (2022/May/09, v3) Rev Botten J, 2003 AGCGGGAACTGGCTGATCT S1094R Bagamian K, 2013 HNT-SOR Chu YK, 2008 HPS-S-F1 Terajima M, 1999 Fwd Botten J, 2003 S208L Fwd Bagamian K, 2013 HPS-S-R2 Terajima M, 1999 HTS-F538 Chu YK, 2003 HTS NF691 Chu YK, 2003 HNT-SOF2 Chu YK, 2003 HNT-SIF2 Chu YK, 2003 HTS NR1061 Chu YK, 2003 HNT-SIR Chu YK, 2003 CAAAATCTGTGGGAACATCTGA ATGGGRATTCAACTGGACCA AATGAGCACCCTCAAAGAAGT GCAGACGGGCAGCTGTG ACCAAACTCGGAGAACTCAAAC GGGATTGAACCTGATGACCAT GAAGADGTCAAYGGBAT AGYCCWGTYATGGGDGTVAT GTTTGGGTGTTTGCATGTGC CCCACCGACAGCATTATATG CTBCAGGAYATGMGAAAYAC ATGGCATCAAAGTCTGTAGG HTS R1163 Chu YK, 2003 ACWCARTCWATGGGRATHCA >Clade1_Cons ATGAGCACCCTCAAAGAAGTGCAAGACAACATCACTCTTCACGAACAACAACTCGTGACTGCCAGGCAGAAGCTCAAAGATGCAGAAAGAGCGGTGGAATTGGACCCCGATGATGTTAACAAAAGCACATTACAGAGCAGACGGGCAGCTGTGTCTGCATTGGAGACCAAACTCGGAGAACTCAAACGGGAACTGGCTGATCTTATTGCAGCTCAGAAATTGGCTTCAAAACCTGTTGATCCAACAGGGATTGAACCTGATGACCATCTGAAGGAAAAGTCATCATTGAGATATGGAAATGTTCTTGATGTAAATTCCATTGACTTAGAAGAGCCAAGTGGGCAAACAGCTGATTGGAAATCTATTGGACTCTACATTCTGAGTTTTGCAATACCGATTATCCTTAAGGCCTTGTACATGTTATCTACTAGAGGCCGTCAAACAGTCAAAGAGAACAAGGGGACAAGAATTCGATTCAAGGATGATTCATCTTATGAGGAAGTCAATGGAATACGTAAGCCAAGACATCTGTATGTTTCTATGCCTACTGCTCAATCCACAATGAAAGCAGATGAGATTACTCCCGGGAGGTTCCGTACAATTGCTTGTGGGTTGTTTCCAGCTCAAGTCAAGGCTAGAAACATTATCAGTCCTGTCATGGGTGTGATTGGCTTTAGTTTTTTTGTGAAAGATTGGATGGAAAGGATTGATGACTTTTTGGCTGCTCGTTGCCCATTTTTACCTGAGCAAAAAGACCCTAGAGATGCTGCACTGGCAACCAATAGAGCCTATTTTATAACACGTCAATTACAGGTTGATGAGTCAAAGGTTAGTGATATTGAGGACCTGATTGCTGATGCAAGGGCTGAGTCTGCCACTATATTCGCAGATATTGCCACTCCTCACTCAGTCTGGGTCTTTGCATGTGCTCCAGATCGTTGTCCACCTACAGCATTATATGTGGCCGGGATGCCAGAGCTGGGTGCATTCTTTGCTATTCTTCAGGATATGAGAAACACCATAATGGCATCAAAATCTGTGGGAACATCTGAAGAGAAGTTGAAGAAAAAATCAGCATTCTACCAGTCATACTTAAGACGTACTCAGTCAATGGGGATTCAACTGGACCAGAAGATAATCATCTTGTACATGAGCCATTGGGGAAGAGAGGCTGTGAATCATTTCCATCTTGGAGATGACATGGATCCTGAACTCAGGGAACTTGCCCAGACCCTTGTGGACATCAAGGTCAGGGAGATCTCCAACCAAGAACCACTTAAACTTTAA 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>NYV_MG717391 -----------------------------------AT-A-----------G-----A-----------------T--G----------AG--A----G-G-------A-----C---------------------G-T--------G-----------------A-----------------------AC-G-----A--C---------------------------------A--------------------------------T-A-----G--A------C-------C--G--------------G-----A-----T--G-----A--------C--------A---------G--------A-G--T--C-----C-----------A--C---T-A------C-C--T--------A--C--G--T-----------T--G--A--T--A-----------CA-G-----------C-----------A--------------C--A------------T-A-----A--A--------A--C--G-----------G-----------C-----A---C-T-----C--G-----A-----A-----C--T--A-----G--------G--T-----------A--------------A--A----AC--------T--G--C--------C-----------T---C-A----AG--G--------CC---------C--G--------AG---------TCA-G---A--------------------------GGC---A--A-----A---------GT---C--------A-------T---------A--A--------A---C-T---A----C-----A--G--C--T-----------------------A--T---A-G-----C-----------------C--T--A-----T--A--T--------T-----C--A--------C--------T--A--------------------A--G--TG----G-----A--A-----------G-----------A--T---C-T-----A--------------A-----------T--A------------C-T-------TT----------AG--A-----T-----C--T--C-----T-----T-----C--G--GT-G--A--GT-A--A---G-------T--TGCT--A----AA-----T--------G--G--G--------G--- >NYV_U09488 -----------------------------------AT-A-----------G-----A-----------------T--G----------AG--A------G-------A-----C---------------------G-T--------G-----------------A-----------------------AC-G-----A--C--------------------------G------A--------------------------------T-A-----G--A------C-------C--G--------------G-----A-----T--G-----A--------C--------A---------G--------A-G--T--CT----C-----------A--C---T-A------C-C--T--------A--C-----T-----------T--G--A--T--------------CA-G-----------C-----------A--------C-----CA-A------------T-A-----A--A--------A--C--------------G-----------C-----A---C-T-----C--G-----A-----A-----C--T--A-----G--------G--T-----------A--------------A--A----AC--------T--G--C--------C-----------T---C-A----AG--G--------CC---------C--G--------AG---------T-A-G---A--------------------------GGC---A--A-----A---------GT---C--------A-------T---------A--A--------A---C-T--------C-----A--G--C--T-----------------------G--T--CA-G-----C-----------------C--T--A-----T--A--T--------T-----C--A--------C--------T--A--------------------A--G--TG----G-----A--A-----------G-----------A--T---C-T-----A--------------A-----------T--A------------C-T-------TT----------AG--A-----T-----C--T--C-----T-----T-----C--G--GT-G--A--GT-A--A---G-------T--TGCT--A----AA-----T--------G--G--G--------G--- >MGLV_U32591 -----------------------------------AT-A--T-----G--G-----------------A-----T--------C--------A-----GG-----------------------------C-------T--------------------------------------------T------C--T-------------------------------------------------------------G------------T----A-----A-----------------T-----C--------G--C--A-----TC-G-----------------G--------C--------------TT-G-----AT-------------C--A---G-GT-A--A-----A--T--------A--C--G-----C--------T--------T--A--C--T-----AA-G-----A-----------C--C--A-----T--C-----CA-A--A--G--------T--------A--------A--------T--G--------------A--C-----A--AC----T-----------A-----AC-T--C--T--C--------A-----G--T--C-----------T--------T-----G--C-AC--C-----T--------------C--A--------T--C-------A---C-----T--CC---------CT-G---T--C-A----------TCA-G---A--C-----T-----CG-G-AT-----GA-G--A--G--G--A--T------GTA--C--------G-----CATA-----T--A--A--------T---C-T---A----------A--------------G-----------------A--T--C--A-----T--------T--------A--T--------------T-----T-----------C--------C-----G--T--T---------------------------G----------AC-A--A--G-----T--C--------A--C--TC-------C-----A--G-----A-----------------A--T--T---C-C--T----T-----------A------G--T--C--C--------------------------A--G--G--A--G--G--A--AG-T--C--T---G-T-----------A--------------G-----C-----G-G- >MGLV_MH53986 -----------------------------------AT-A--T-----G--------------------A-----T--------C--------A-----GG----------------------G------C-------T--------------------------------------------T--G---C--T-------------------------------------------------------------G------------T----A--G--A-----------------T-----C--------G--C--A-----T-----------------A--G--------C--------------TT-G-----AT-------------C--A---G-TT-A--A-----A--T--------A--C--G-----C--------T--------T--A--C--T-----A--G--T--------------------A--G-----------CA-G--A-----------T--------A--------A--------T--G--------------A--C-----A--AC----T-----------A-----AC-T--C--T-----------A--C--G--T--C-----------T--------T--C--A--C-AC--C-----T--------------T--A--------T--C-------A---C-----T--CC---------CT-G------A-A----------TCA-G---A--C--G--T-----CG-G-AT-----GA-G--A--A--G--A--T------GTA--C--C-----G--A--CATA-----T--A--A--------G---C-T---A----------A--------------G---A-T-----------A--T--C--A-----T--------T--------T--T--------------T-----T-----------C--------------G--T--T--------------G------------G----------AC-A--A--G-----T--C-----T--A--C--TC-------C-----A--------A-----------------A--T------C-C--T----T-----------A------A--T--C--C-----------------T--------A--G--G-----G--G--A--AG-T--C--T--TG-T-----------A-----T-----G--G-----C---T-G-G- >MGLV_U32646 ****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************-T-----G--C-AC--C-----T--------------C--A--------T--C-------A---C-----T--CC---------CT-G---T--C-A----------TCA-G---A--C-----T-----CG-G-AT-----GA-G--A--G--G--A--T------GTA--C--------G-----CATA-----T--A--A--------T---C-T---A----------A--------------G-----------------A--T--C--A-----T--------T--------A--T--------------T-----T-----------C--------C-----G--T--T---------------------------G----------AC----A--G-----T--C-----T--A--C--TC-------C-----A--G-----A-----------------A--T--T---C-C--T----T-----------A------G-----C--C--------------------------A--G--G-----G--G--A--AG-T--C--T---G-T-----------A--------------G-----C-----G-G- Rev Botten J, 2003 AGCGGGAACTGGCTGATCT S1094R Bagamian K, 2013 HNT-SOR Chu YK, 2008 HPS-S-F1 Terajima M, 1999 Fwd Botten J, 2003 S208L Fwd Bagamian K, 2013 HPS-S-R2 Terajima M, 1999 HTS-F538 Chu YK, 2003 HTS NF691 Chu YK, 2003 HNT-SOF2 Chu YK, 2003 HNT-SIF2 Chu YK, 2003 HTS NR1061 Chu YK, 2003 HNT-SIR Chu YK, 2003 CAAAATCTGTGGGAACATCTGA ATGGGRATTCAACTGGACCA AATGAGCACCCTCAAAGAAGT GCAGACGGGCAGCTGTG ACCAAACTCGGAGAACTCAAAC GGGATTGAACCTGATGACCAT GAAGADGTCAAYGGBAT AGYCCWGTYATGGGDGTVAT GTTTGGGTGTTTGCATGTGC CCCACCGACAGCATTATATG CTBCAGGAYATGMGAAAYAC ATGGCATCAAAGTCTGTAGG HTS R1163 Chu YK, 2003 ACWCARTCWATGGGRATHCA >Clade2_Cons ATGAGTAACCTCAAAGAACTACAAGACAACATAACCACTCATGAACAACAGTTGGTCACGGCCAGACAAAAACTTAAAGATGCAGAGAAGGCAGTTGAAGTGGACCCCGATGACGTTAACAAGAGCACATTACAGAGTAGACGGGCAGCTGTGTCTGCATTGGAGACTAAACTCGGGGAACTCAAGAGACAACTGGCAGACTTCATTACGACCCAGAAATTGGCTTCTAAACCTGTTGACCCAACTGGGATTGAGCCTGATGACCATTTAAAGGAGAAATCATCTCTTCGCTATGGGAACATACTGGATGTTAATTCAGTTGATCTTGAAGAGCCAAGTGGTCAAACTGCAGACTGGAGATCTATAGGTTTCTACATATTGAGCTTTACACTGCCTATCATCTTAAAGGCCTTATACATGCTGTCAACTCGAGGGAGACAAACCATTAAGGAGAACAAAGGGACACGAATCAGATTTAAGGATGATACTTCATATGAGGAGGTTAATGGCATACGAAAACCTAGGCATCTTTATGTTTCAATGCCTACAGCCCAATCTACTATGAAAGCAGATGAGATAACACCAGGCAGATTCAGGACAATTGTGTGTGGCCTATTTCCAGCTCAGGTGAAAGCAAGAAATATTATAAGTCCTGTCATGGGAGTAATAGGATTCAATTTCTTTGTAAAAGATTGGGTTGAGAGAATTGATGATTTTTTGAATGCAGAGTGTCCCTTTCTTCCTAAACCAAAAGATGCTGGTGAAAGATTTCTATCCACTATCAGGGCCTATTTTCTGACAAGGCAAGAACAGGTGCTACAATCAATGTTGCCAGATATAACAGACTTAGTGGCTGATGCACAAACTCAGGGAGCAACGCTGTTTAATGATATTACATCACCTCATTCTGTCTGGGTTTTTGCATGTGCACCTGACAGATGTCCTCCAACAGCCTTATATGTAGCAGGAATGCCAGAACTTGGTGCTTTTTTTTCAATACTCCAGGACATGAGGAATACCATAATGGCCTCGAAGTCTGTAGGCACAGCAGAGGAAAAACTCAAAAAGAAGTCGGCGTTCTATCAGTCATACTTGAGGCGAACTCAATCAATGGGTATACAGCTGGATCAAAGGATCATTATTATGTATATGGGGCATTGGGGTAAAGAGATTGTTAATCACTTTCACCTCGGTGATGACATGGATCCAGAGCTGAGGATTTTGGCACAGTCTCTTGTTGATACAAAGGTCAGAGAAATCTCAAACCAAGAGCCACTAAAACTGTGA >LSCV_AF307322.1 -----C------------T-------------C--ACTA--------G---C-C-----A-----G--G-----------------A--A-----------------G-----T---------------C-------C-----------------------------C-----T--A--------------G-----T--T--------AT-T------C-----G-A--G--------------C-----------A-----T---C-------A--------------T--------------------C--C---A----CT-G-----A-----------------T--T-----G--A--T--G--T--------A--T--------C--A--T---C----A--AC-C------T-A--T--AA----CC-C-----TG-G--A--A------------A----TC-T--C--A--------A--C-----------A-----G---A-G--G--A-AA--C--A-----C-----------T--------A--A-----G--T-----A-----------AC-T---C-A-----AACA-----AT-G--C--T--------C-----C--------C--C-----A--------G--C--T--G-----C--------G-----C---ACA--CC-T-----A--G-------GG--T--A--------CT-A------G-------------G--GCAT--CA-G--T------C----T-----CA-T-----A-----G-----TG-C--G------C-C--T-----C-----GC-TA----------C---T----A--T-----AT-A-----------A--C---------G----T-----C-----C-----T--------------A---------------A-T-----T--------------------C-----T-----T-----------A--C--T--T-----A--T-----A--C--A--T--T--A-----GT-G--------A--A--A-----C--A--C---C-CC-A--T--G--G--C--------T--A--A-----------T--C--C-----C---TCA--------A--G-----C--G-----T--------T------------------------------------------------------------------------------------------------ >LSCV_JN097458.1 -----C-----------------G-----------ACTC--------G---C-C--T--A--A--G--------C--------------A--------G--------G--------------------------A--C------T----------------------C-----------------------G-----T-----TG----AT-T--A--GC-------A-----------T-----A-----------------------------A-----------C--T--------TG-G--------A--C---A-------------------C--C--------T--T-----G-----T--C--T-----C--A--T--C-----A-----------G-----T--G--T---T-A--C--CA-G--T--G-----TG-C--A--------------T-----T--G--------------C--T-----A-----G-----G--CA-------A-A---------------------A--T--T-----A---****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** >LSCV_JN097466.1 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>LSCV_JN097465.1 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>LSCV_JN097464.1 ****************--T----G-----------ATTA--------G---C-C--T--A-----G-----G-----------------A--------G--------A-----------------------------------------------------------C-----------------------------T--T---G-----T-T--------------G-----------T-----A--------A--------T--------A-----G-----------T--------------------C-----TA----CT-G-----A--------G--G-----T--------G-----T--G--T-----CC-A--T--------A--A--TG----G------C-C--T---T----T---A----TC-T-----TG-G--A--A-----G--A--C-----TC-G-----A-----C--A--T-----A--AA-A--C--A---A----G--A-AA--C--G-----G-----------T--T-----A--C****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** >LSCV_KX066108.1 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>LSCV_KX066107.1 ********************************************************************************************************************************************************************---C--------A--------------------T-----------CT-T--------------A-----------T-----------------------T-----------A-----------C--T-----A--------------C--C--CA----C--------A--------C--------T--T---C-------T-----------------T-----------A--T-----G--A--AC-C--------T--T---A----TC-C-----TG-A--A--A------------A----TC-C--C--A-----C--A-----------AA-C--C--A---A-------A-AA-----G--------C-----G--T--A--G--A--C****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** >LSCV_KX066106.1 ********************************************************************************************************************************************************************---C--------A--------------------T-----------CT-T--------------A-----------------------------------T-----------A-----------C--T-----A--------------C--C--CA----C-----------------C--------T--T---C-------T--------------A--T-----------A------C-G--A--AC-C--------T--T---A----TC-C-----TG-A--A--A------------A----TC-C-----A-----C--A-----------AA-C--C--A---A-G-----G-AA-----G--------C-----G--T--A--G--A--C****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** >LSCV_KX066105.1 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>LSCV_JN097469.1 ********************************************************************************************************************************************************************---C--------A---------C----------T--T---G-----T-T--------------A-G---------T-----A--------A--------T---C----------G-----------T--------------------C-----TA----C--G-----A--------C--G-----T--------------C--G--T-----CC-C-----C--------A--TG----G------C-C--T-----A--T--CA----CC-C-----TG-G--A--A-----------C-----TC-G-----A-----C--A--C-----A--AA-A-----G--CA-G-----A-AA--CT-G-----C--------A--T--A--G--C---****************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** >LSCV_JN097461.1 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>LSCV_JN097460.1 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>LSCV_JN097459.1 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>MTNV_AB703020.1 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>MTNV_AB703019.1 -------------------------------------T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-----------------------------------C-----------------------------------------------------------------C-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ >MTNV_AB703018.1 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>MTNV_AB703017.1 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>MTNV_AB703012.1 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>MTNV_AB703011.1 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>MTNV_AB620089.1 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>MTNV_AB620088.1 -----------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--------------- >MTNV_AB620086.1 --------------------------------------C-----------------------T------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C-------------------------------------------------------------------------------T-----------------------------G--------------------------------------------------------------A--------T------------------T-------------A-----G--------------------------------------------------------------------T---A-G--------------C--------------------------C--C--------------------------------------G--------------------------------------G-----------C-----------------------------------------------------------------------------------T--------C-----------C------------C--T-------------------------------------------------G------C-------------------------------------------------C--------------C--------------------------------------------------------------------------------------------------C--------------------A--------------------------------------------------------------A-----C--------------------------------------A-----------------------------------------------------------------------------------C-----------------------A-----------------------------------T---------T----------- >MTNV_AB620085.1 -----------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--------------------------------------------C--------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ >MTNV_AB620084.1 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C-----------------A-----------------------------------------T-----------------------------------------------------------A------------------------------A-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C-----------C-----------------G---T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- >MTNV_AB620081.1 -----------------------------------------------------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-----------------------------------------------------------------T-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ >MTNV_AB620079.1 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--------------------------------------------------------------------------------A----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------C-----------------------------------------------------------------C--------------------------------------------------------------------------------G--------------------------------------------------------------------------------------C-----------------------------------------------------------------------------A------------------------------------------------------------------ >MTNV_AB620078.1 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T-----------------------------------------------------------A---------G----------------------------G-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------T------------------------------------------------------------------------------------------T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A-----------------------------------------------A--------------------------------------------G------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Rev Botten J, 2003 AGCGGGAACTGGCTGATCT S1094R Bagamian K, 2013 HNT-SOR Chu YK, 2008 HPS-S-F1 Terajima M, 1999 Fwd Botten J, 2003 S208L Fwd Bagamian K, 2013 HPS-S-R2 Terajima M, 1999 HTS-F538 Chu YK, 2003 HTS NF691 Chu YK, 2003 HNT-SOF2 Chu YK, 2003 HNT-SIF2 Chu YK, 2003 HTS NR1061 Chu YK, 2003 HNT-SIR Chu YK, 2003 CAAAATCTGTGGGAACATCTGA ATGGGRATTCAACTGGACCA AATGAGCACCCTCAAAGAAGT GCAGACGGGCAGCTGTG ACCAAACTCGGAGAACTCAAAC GGGATTGAACCTGATGACCAT GAAGADGTCAAYGGBAT AGYCCWGTYATGGGDGTVAT GTTTGGGTGTTTGCATGTGC CCCACCGACAGCATTATATG CTBCAGGAYATGMGAAAYAC ATGGCATCAAAGTCTGTAGG HTS R1163 Chu YK, 2003 ACWCARTCWATGGGRATHCA >Clade3_Cons 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>ELMCV_NC_038423 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>ELMCV_U11430 --------------------G--------------------------G--------------------G--------------C--G--G--------------------------------A-----------------------------------------------------A-----------------------------------------G--T-----------------------T--------------------C-----------------T---A----------------------G------------C-A--------C--------------------------G-----A--A--T---C-T--------T------------T-A--G--T----******************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** 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>ELMCV_U11425 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-----A--G-----------A--------------------------------------------------------------------------T--G-----------C--T---A-------G--------A--C--G--C--C------C-T-----G--C-----T--------T-------A---------A-----T--CC----C--T--CC----G------T-G-----TC---******************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** 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>ELMCV_JN097471 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>ELMCV_JN097456 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>ELMCV_JN097454 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>ELMCV_U18096 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>ELMCV_U54581 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>ELMCV_U54580 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>ELMCV_U18097 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>ELMCV_U18095 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>HUIV_AB620099.1 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>CARV_AB620093.2 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>CARV_AB620098.1 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>CARV_AB620096.1 ***************************************************************************************************************************-----------------------G-----------------A--T--------------------------------------------------------------------------------------A-----------T-----------A--------A--T--------CA----G-----------------------------------T-----------------A-----------G--C-----------T------------A-A-----------A--------A-----------G--------------G---------------------A-------G--------C--C-T---------------T--A--------C-----C------------C-------------A--********************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************************** >CARV_AB620097.1 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Rev Botten J, 2003 AGCGGGAACTGGCTGATCT S1094R Bagamian K, 2013 HNT-SOR Chu YK, 2008 HPS-S-F1 Terajima M, 1999 Fwd Botten J, 2003 S208L Fwd Bagamian K, 2013 HPS-S-R2 Terajima M, 1999 HTS-F538 Chu YK, 2003 HTS NF691 Chu YK, 2003 HNT-SOF2 Chu YK, 2003 HNT-SIF2 Chu YK, 2003 HTS NR1061 Chu YK, 2003 HNT-SIR Chu YK, 2003 CAAAATCTGTGGGAACATCTGA ATGGGRATTCAACTGGACCA AATGAGCACCCTCAAAGAAGT GCAGACGGGCAGCTGTG ACCAAACTCGGAGAACTCAAAC GGGATTGAACCTGATGACCAT GAAGADGTCAAYGGBAT AGYCCWGTYATGGGDGTVAT GTTTGGGTGTTTGCATGTGC CCCACCGACAGCATTATATG CTBCAGGAYATGMGAAAYAC ATGGCATCAAAGTCTGTAGG HTS R1163 Chu YK, 2003 ACWCARTCWATGGGRATHCA >Clade4_Cons ATGAGCAACCTCAAAGAAGTTCAGGACAATATTACAATCCACGAACAGCAGCTAGTAACAGCTAGACAAAAGCTGAAAGATGCAGAAAGGACAGTTGAAGTGGACCCGGATGACGTTAACAAGAGCACATTACAGAGCAGACGGGCAGCTGTGTCTGCATTGGAGACTAAACTTGGGGAGCTCAAGAGACAACTGGCAGATCTTGTTGCAGCTCAGAAACTGGCTGCAAAACCTGTTGATCCAACAGGGCTTGAGCCTGATGACCATCTGAAAGAGAAGTCATCTCTGAGATATGGCAATGTGCTTGATGTCAATTCAATTGACCTTGAAGAACCAAGTGGGCAGACTGCAGACTGGAAGGCAATCGGGGTTTATATTCTCAGTTTTGTCCTCCCAATTGTCTTGAAGGCTCTTTACATGCTGTCAACTAGAGGAAGGCAGACAGTTAAGGAAAATAAAGGGACAAGAATCAGGTTTAAGGATGATTCATCTTATGAAGATGTCAATGGTATTCGGAAGCCAAAACATTTGTATGTCTCCATGCCTACAGCACAGTCAACAATGAAGGCAGATGAGATCACACCAGGTCGATTCAGGACTATTGTATGTGGATTATTCCCTGCACAGATTAAGGCACGGAACATTATAAGTCCTGTCATGGGTGTGATTGGGTTTTCATTCTTTGTGAAAGATTGGGTTGATAAAATTGAGGACTTTTTAAGGGCTGAATGTCCATTTCTACCAAAACCAAAGGGACAAGCAGATTCATTTCTGTCGACAAATGGTGCTTACTTCATGAATAGACAAGCACAAGTTGAAGAGTCAAAGGTGCCGGACATTGTAGACCTGATTGACACTGCAGAAGCAGAGGGTGCAACATTGTTTGATGACATTGCTAGCCCTCATTCTGCATGGGTATTTGCATGTGCCCCTGACCGATGTCCACCGACAGCATTGTATGTTGCAGGTGTGCCTGAGTTAGGTGCATTCTTTTCAATACTTCAGGATATGAGAAATACAATCATGGCATCTAAGTCTGTAGGAACTGCTGAAGAAAAACTGAAAAAGAAATCTGCCTTCTACCAGTCTTACTTACGCAGAACACAGTCAATGGGGATTCAACTGGACCAGAAAATCATTATATTGTATATGATTAACTGGGGAAAAGAGGCTGTCAACCACTTTCATCTCGGGGATGACATGGATCCTGAATTGCGGCAGCTAGCACAAGCCTTAGTAGACACTAAGGTTAAAGAGATTTCAAATCAAGAGCCTTTAAAGATATGA >BCCV_NC_043075 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>BCCV_AB689163 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